股东协议与公司章程是平行且相互补充的两套治理文件。一般而言，股东协议是公司章程的补充。两者存在以下三项重要区别：
适用法律不同。 股东协议主要由《中华人民共和国民法典》合同编调整，公司章程由《公司法》调整。部分在公司章程中难以约定的内容（如股权成熟条款、股权回购条款、股权预留条款等，在工商登记备案的公司章程中可能面临行政机关的质疑），可以约定在股东协议中，同样具有法律效力，同样约束签署合同的主体。
对外公示程度不同。 公司章程须在市场监督管理部门备案，向社会公开，任何人都可以通过律师查询任何公司的章程。股东协议是股东之间的内部协议，不对外公开，具有更强的保密性。涉及商业秘密或不适合对外披露的安排，适宜在股东协议中约定。
约束范围不同。 公司章程作为公司的最高制度文件，约束全体股东、董事、监事、高级管理人员以及公司的全部经营行为。股东协议受合同相对性原则的限制，仅约束签署协议的股东，对未签署协议的股东不具有约束力。