股东会与董事会在公司治理中的权力配置存在本质差异。股东会通常每年仅召开一次会议，不直接拥有人事任命权、财务决策权和日常运营管理权。这些权利归属于董事会和总经理（经营管理层）。因此，仅控制股东会而忽视董事会的控制，是公司治理中的重大疏漏。
股东会的表决按照表决权比例进行，而非股权比例。"股权比例"与"表决权比例"是两个不同的概念。通过AB股架构、公司章程特殊约定等安排，股东可以在保持股权比例不变的情况下扩大表决权比例。
董事会的表决规则与股东会截然不同：董事会按照人头表决，实行一人一票制。因此，控制董事会席位的多数即控制董事会，而非通过持股比例或表决权比例来实现。
举例说明：A公司中，甲持股51%，乙持股20%，丙持股19%。董事会由甲、乙、丙三人组成。在股东会层面，一般事项甲可凭其过半数表决权独立决定。但在董事会层面，乙和丙合计占据两席，可形成多数意见，董事会的实际控制权掌握在乙和丙手中。
阿里巴巴的合伙人制度是实现以较少股权控制公司董事会的经典案例。马云个人持股仅约6.4%，却通过该制度实现了对阿里巴巴的持续控制。
制度设计要点：
第一，提名权的垄断。阿里巴巴公司章程规定，阿里巴巴合伙人拥有公司过半数董事成员的专属提名权。提名权虽不等同于最终决定权，但控制了信息输入端和选项供应端——若无提名，则无当选的可能。正如明代宦官虽无最终决策权（最终决定权在皇帝），但因为控制了信息渠道和选择范围，皇帝在任何选项中作出的决策均符合其利益。
第二，落选后的补救机制。合伙人提名的董事需经股东大会表决通过方能当选。若合伙人提名的候选人未获通过，公司章程规定合伙人有权指定临时董事填补空缺，直至下一届股东大会召开。鉴于股东大会通常每年仅召开一次，该条款实质上确保了合伙人的提名人选始终占据董事会席位。
第三，章程修改的超级多数门槛。为防止合伙人制度条款被股东大会修改，公司章程规定，修改章程中关于合伙人董事提名权及相关条款，须经持股比例95%以上股东的表决权同意。鉴于马云本人持股超过5%，没有其本人同意，该条款无法修改。